Đạo Phật không chấp nhận nguyên nhân khởi thuỷ của mọi vấn đề. Nguyên nhân của mọi vấn đề tuỳ thuộc vào duyên, điều kiện xúc tác và nhân quả tương tác phức tạp đa chiều trực hay gián tiếp với nhau. Bốn gốc rễ (nguyên nhân) của sân hận, khổ đau đã được trình bày:

Một là bắt nguồn từ trạng thái nhận thức sai lầm về con người, cuộc đời và sự kiện…

Hai là bắt nguồn từ trạng thái sợ hãi. Ví dụ, tên trộm bị phát hiện thì phản ứng tự vệ, buộc tên trộm phải giết người để bịt đầu mối, nếu không có sẽ bắt bỏ tù. Cho nên, sự triệt tiêu đối tượng trong trường hợp này bắt nguồn từ nỗi sợ hãi bị luật pháp truy tố, trừng trị… Tất cả những nỗi sợ hãi đó làm anh ta trở thành con người bạo động.

Ba là bắt nguồn từ thái độ độc tôn, loại trừ, chỉ chấp nhận chính mình. Thường thấy là các học thuyết, chủ nghĩa, tôn giáo, phái giáo… tất cả những gì thuộc về thần tượng cá nhân đều liên hệ ít nhiều đến thái độ tạo ra sự sân hận.

Bốn là bắt nguồn từ việc không hiểu bản chất văn hoá của người khác, không thấy được đa nguyên như là giá trị hỗ trợ nhau, không thấy tất cả những con đường khác nhau là sự phong phú trong cuộc đời, là nhu cầu cần thiết cho sự sống của con người, mà từ sự khác biệt đó lại tỏ thái độ cau có, bực tức đối với chính mình.

Ngoài ra, sân hận có thể bắt nguồn từ những nguyên nhân ngoại cảnh như tình yêu, hoàn cảnh, môi trường… Hoặc những nguyên nhân nóng nảy do sinh lý như mất ngủ, căng thẳng, không đáp ứng được với sự thay đổi nhiệt độ, khí hậu, thời tiết… hay bệnh lý làm cho thái độ chịu đựng bị giảm xuống cũng gây dễ nổi nóng, kháng cự, phản ứng chống đối…
Theo nhà Phật, không có một nguyên nhân đầu tiên cho tất cả mọi nguyên nhân còn lại. Tuỳ trường hợp, điều kiện môi trường mà sân hận xảy ra nặng hay nhẹ, chủ quan hay khách quan. 

Phân tích gốc rễ của sân hận, phải có tầm nhìn rộng về tất cả những nguyên nhân có thể xảy ra. Không nên quy kết vào một nguyên nhân nhất định. Vì khi quy kết vào một nguyên nhân thì sẽ quy kết một chiều, đổ trách nhiệm vào một người có thể là ông, bà, cha, mẹ, anh, chị, em, bạn hay người không thân… Do đó, đánh mất cơ hội nhìn thấy trách nhiệm hành vi của mình đối với mọi người.

Muốn có được sự an lạc, hạnh phúc thì phải nhìn thấy nguyên nhân gây ra đau khổ, lận đận. Từ đó mới có giải pháp thích hợp để tháo gỡ.